在全球经济复苏出现分化，我国经济下行压力加大，经济增速下滑为各个行业产业发展带来不同影响的新常态中，我国通用航空产业发展所面临众多的挑战，主要包括：
一.以低空空域改革为代表的简政放权步伐缓慢，运行效率低下
2010年10月，国务院、中央军委颁布实施《关于深化我国低空空域管理改革的意见》（简称《意见》）拉开了我国通用航空产业改革的大幕。《意见》颁布实施后，国有资本、民营资本甚至外资资本翘首以待，大量投资资金迅速向通用航空产业聚集。六年时间已经过去了，《意见》中提到的大部分任务和支持通用航空产业发展的措施并没有完成，唯一一个有时间节点的印发《低空航图》的任务也并未完成。造成这一现状的原因是多方面的，深层次的原因是以低空空域改革滞后为代表的简政放权步伐的缓慢，使得通用航空飞行审批流程繁琐，运行效率低下。以低空空域改革滞后为代表的简政放权步伐的缓慢主要表现在以下几个方面：
1.通用航空飞行审批制度的不完善
通用航空飞行任务审批和飞行计划审批是通用航空飞行任务能否正常执行的先决条件。为了规范飞行审批制度，2013年年底国家颁布了《通用航空飞行任务审批与管理规定》。但实际上，这并不是一项新政策，只是对旧政策的"修订"。这一规定只是明确了哪些事情可以做，哪些事情不可以做，但并没有解决可以做的事情能否自由去做的这一核心问题。造成这一核心问题长久不能解决的深层次原因其实就是我国低空空域开放的问题。总所周知，低空空域是通用航空器运行作业的主要活动区域，但是由于我国空域作为一种国家战略资源，对空域的管理非常严苛。造成了虽然国家层面一直高呼低空空域开放的口号，出台相关政策促进空域改革，但是到目前为止，在国家所有出台的政策当中，并没有给出具体的空域改革开放的时间点，只是从宏观政策层面提出了指导性的意见。
2.政府权力下放法制建设不健全
政府层面出台一系列政策为通用航空产业的发展简政放权的初衷是好的，但是通用航空产业简政放权的顺利进行离不开系统完善的配套法律机制。不仅要对通用航空产业简政放权改革从立法层面上的合法性，就其具体的政策执行也应制定完善的法律法规，使简政放权有法可依，将改革执行纳入法制化轨道。但是就我国通用航空产业发展简政放权改革来说，简政放权缺乏相应的立法性设计，政府到底应该管什么，政府与市场的关系、政府与企业的关系缺乏明确的法律界定。造成政府管理不该管的事情，甚至政府成为影响通用航空产业发展的桎梏。
3.政策落实及长效监管机制不健全
中央出台政策支持通用航空产业发展，但缺少对政策落实及其长效性的监管机制。造成在政策的落实过程中，各地政府往往从自身的角度和利益出发，打着发展通用航空产业的口号，扶植一些非专业的企业从事与通用航空运营无关的行业。如，以筹建通航小镇的名义，开展房地产的相关建设。这就导致了通用航空产业扶植政策并不能真正为通用产业的发展提供支持和保障，产业扶植政策落实走了弯路甚至是绕圈子，付出了沉重的代价。
二.通用航空产业指导性政策操作性不强、规律性不高
近年来为促进通用航空产业的发展，国务院、民航局等相关单位出台了一些列产业扶持政策和产业发展指导性文件，这些文件的出台，对于培育通用航空产业发展、指导通用航空产业发展确实起到了一定的作用。但是，近年来频繁出台的通用航空产业发展相关政策也带来了一系列的问题，主要表现在以下几个方面：
1.通用航空产业扶植性政策和指导性文件操作性不强
据不完全统计2010年至今国家出台的关于促进通用航空产业发展的政策和指导性文件数量已经达到了数十个之多。但是上述政策和指导性文件的操作性不强，行业监管单位如何开展监管、政府如何规划通用航空产业发展、行业院校如何开展人才培养等等并没有给出详细的可操作性的指导意见。例如，《国务院办公厅关于促进通用航空业发展的指导意见》中指出到2020年，建成500个以上通用机场，基本实现地级以上城市拥有通用机场或兼顾通用航空服务的运输机场，但是对于通用机场如何布局、如何使得通用机真正成为促进地方经济发展的新动力并没有从国家层面给出可操作性的意见，造成地方在通用航空机场投资与建设中存在盲目发展，使其不能真正推动经济的发展，成为地方经济一笔沉重的经济枷锁。
2.通用航空产业扶植性政策和指导性文件规律性不高
目前国家出台的一系列鼓励通用航空产业发展的政策，其出发点是好的，缺乏对产业发展规律性的认识，市场机制作用未得到较好的发挥。例如，为支持通航产业，尤其是农林方面的通航作业，早在2012年底，民航局、财政部就联合制定了《通用航空发展专项资金管理暂行办法》（财综〔2012〕17号），对通航企业开展通航作业、通航飞行员培训以及完善通航设施设备等方面进行补贴。但是一些通航企业不是将补贴用于企业发展与新技术革新，而是将补贴作为盈利或者回本的重要通道。也就是说，一些通航企业可能会因为补贴因素而存在。使得本应该在通用航空产业发展中发挥引导和产业扶植的相关政策，反而成为了限制产业健康发展的桎梏。
三.通用航空产业创新能力不强，企业创新动力严重不足
航空产业是高技术应用型产业，通用航空企业的发展的核心动力就是技术与科技创新。因此，科技创新对通用航空企业的生存和发展起着决定性作用。然而，对于我国通用航空产业而言，技术创新还存在一定的问题，主要表现在如下几个方面：
1.通用航空产业创新环境没有形成
通用航空产业是技术密集型产业，通用航空是国家科技发展水平的重要标志。我国通用航空无论是制造业还是运营服务业，都有很大的发展空间。特别是通用航空制造业，能够创造需求、满足需求和引领需求，对通用航空产业和国民经济的发展，具有显著的带动作用。但是，由于目前我国通用航空产业的创新友好环境远没有形成，广大通用航空企业的创新动力严重不足，积极性普遍不高。以通用航空器制造为例，虽然我们目前也能生产一些通用航空器，但是与世界发到国家相比较，还存在着不小的差距。在我国空域运行的通用航空器还是以进口为主。造成这一问题的深层次原因是在当前的经济、社会和科技发展环境下，通用航空企业技术创新动力不足，提升自主创新能力困难，加之目前通用航空飞行审批条件严格甚至可以说苛刻，大部分通用航空企业甚至赔本赚吆喝，企业根本没有能力把技术创新战略作为主要的发展战略来加以扶持。
2.企业税费负担沉重，直接影响企业技术创新投入能力
技术创新带动企业利润增长是一个长期的过程，很难短期内快速取得经济效益。一般情况下，企业只有具备了较强的生存和发展能力后，才会考虑到技术创新的资本投入。目前，我国通用航空企业的税费等各种负担沉重，税收分布不均衡，有轻有重，税制不完善，税基窄，传导到企业身上税负沉重。加之通用航空产业属于新兴产业，企业的利润积累比较少，企业根本没有多余的资本进行技术创新投入。这就直接影响企业对未来长远发展的战略层面的谋划。企业缺少对战略层面的谋划发展，必将不能取得长久的发展，这又使得企业的盈利能力低下，直接制约企业技术创新投入能力和自主创新能力的提升，形成了周而复始的恶性循环状态。
四.通用航空安全运行形势严峻，产业发展面临安全挑战
安全第一"的方针是我国民航工作的长期指导方针。民航的"安全"受到历届党和国家领导人的重视，受到全社会的关注，是民航一切工作的重中之重，是民航发展的生命线 "安全问题怎么讲，怎么谈都不过分。"通用航空产业的发展首先要面对的就是能否长久的保证运行安全。目前，我国通用航空产业的安全形势并不乐观，主要表现在如下几个方面：
1.通用航空严峻的安全运行形势
航空安全是通用航空最核心的供给力量，2016年《国务院办公厅关于促进通用航空业发展的指导意见》的颁布拉开了我国通用航空产业新的蓬勃发展。2015年我国通用航空的致命事故率仅为0.64次/1000,000小时，这一事故率远远低于美国1.29次/1000,000小时的通用航空致命事故率。但是到了2016年，我国通用航空事故率明显增加，突出的特点是，通用航空事故不仅仅发生在新成立的通用航空企业身上，一些大规模、技术雄厚的传统通用航空企业也发生了严重的事故。行业安全事故概率持续走高，给原本就积贫积弱的通用航空产业发展带来更大挑战。
2.通用航空产业发展严酷的安全挑战形势
安全为了发展，发展应以安全作为最关键的行业品质底线，同时，发展也可以成为安全的持续改善提供条件。通用航空产业能否成为国家经济发展的新引擎、成为最后一个亿万元市场，成为大众交通方式之一，安全与发展的良性活动是关键。目前，我国通用航空企业中初创企业和规模扩张、亏损企业较多，稳定经营的大中型企业偏少，在我国通用航空发展新一轮投资扩张时期，很对新进企业还在艰难地摸索商业盈利模式，企业的能否生存下来是企业面临的首要问题，那对于安全运营的投入难以保障充足的资金和技术投入。
五.通用航空人才储备不足，人才培养质量不高，影响产业持续发展
党的十八大以来，习近平总书记把科教兴国、人才强国和创新驱动发展战略摆在国家发展全局的核心位置，高度重视人才工作，提出一系列新思想、新论断、新要求。对于通用航空产业发展而言，人才是通用航空产业健康、持续、高效发展的重要条件。但是对于通用航空人才而言，还存在一些问题，主要表现在如下几个方面：
1.行业通用航空人才储备不足
通用航空专家委员会预测，未来10年我国通用航空飞机需求量约10000架，其中活塞动力飞机6000架、涡桨动力飞机2000架、喷气公务机500架、直升机1000架，预计市场规模约1500亿元。按照产业拉动比1:10计算，通用航空全产业产出规模约为15000亿元。相应的通用航空航务技术岗位的需求量预计为上万个。同时每年又有一定数量的人员流失，都需要大量补充从事通用相关岗位的人员。由于我国长期重公共运输飞行、轻通用航空飞行的畸形发展思路，造成我国通用航空产业人才储备严重不足，与快速发展的通用航空产业对人才的需求不匹配，人才的匮乏已经成为限制通航产业发展的重要问题之一。
2.高校人才培养通用航空人才质量不高
为了满足通用航空产业发展对人才的需求，民航院校围绕通用航空产业已经开设了相关专业，去培养通用航空产业急需的高技能技术人才来满足我国通用航空相关技术岗位的需求。但是现行的人才培养主要存在如下几个方面的问题：（1）人才培养方案制订过程简单化，岗位工作任务与职业能力调研不深入，不全面,造成了专业定位、人才培养目标与行业需求不匹配；（2）专业对应岗位群认知片面化，未能形成有效的专业人才培养模式，教学模式在实际教学过程中可操作性较差；（3）课程体系设置不合理，大多数围绕通用航空产业发展开设的专业没有形成具有通航职业特色的课程体系（4）实践实训课程不足，未能将实践教学与理论教学有效衔接。这些问题严重的影响了我国通用航空人才培养的质量，继而影响到了通用航空产业的健康持续发展。
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